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動(dòng)植物基因組重測序

對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行高通量測序，獲得大量可遺傳的變異信息，實(shí)現(xiàn)遺傳進(jìn)化分析及重要性狀候選基因的預(yù)測。

變異檢測（二代測序/三代測序）

對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測序，通過序列比對(duì)可以檢測到大量變異信息，包括單核苷酸多態(tài)性（SNP）、插入缺失（InDel）、結(jié)構(gòu)變異（SV）和拷貝數(shù)變異（CNV）等，在全基因組水平上發(fā)現(xiàn)不同個(gè)體或組織細(xì)胞之間的差異信息，從而獲得生物群體的遺傳特征。

群體進(jìn)化（二代測序/三代測序）

通過獲得某物種自然群體各亞群的SNP、InDel、CNV和SV等變異信息，解析群體的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)、群體進(jìn)化動(dòng)態(tài)等生物學(xué)問題，從分子層面深入研究該物種的進(jìn)化歷程。

GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析（二代測序/三代測序）

全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association Study，GWAS）通過對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍內(nèi)的遺傳變異（標(biāo)記）多態(tài)性進(jìn)行檢測，獲得基因型，進(jìn)而將基因型與可觀測的性狀（表型），進(jìn)行群體水平的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，根據(jù)統(tǒng)計(jì)量或顯著性P值篩選出最有可能影響該性狀的遺傳變異（標(biāo)記），挖掘與性狀變異相關(guān)基因。

BSA性狀定位（二代測序）

BSA（Bulked segregation analysis）即混合分組分析，也稱分離群體分組分析，是一種通過在群體中挑選極端或代表性性狀（單一性狀）的個(gè)體組成混池進(jìn)行分析的方法。通過研究混池之間等位基因/分子標(biāo)記頻率的差異，將與性狀相關(guān)的位點(diǎn)在基因組上進(jìn)行定位。

指紋圖譜（二代測序）

通過SNP標(biāo)記觀察樣品中DNA的獨(dú)特的模式來識(shí)別個(gè)體的方法，可提供豐富的個(gè)體特異性遺傳標(biāo)記，對(duì)于品種鑒定與知識(shí)產(chǎn)權(quán)的保護(hù)、品種親緣關(guān)系和分類研究具有重要意義。

核心種質(zhì)（二代測序）

采用一定方法，從保存的種質(zhì)資源中抽取一個(gè)核心子集，以較少的遺傳資源樣本量最大限度地保存代表整個(gè)資源群體的遺傳多樣性，同時(shí)代表了整個(gè)群體的地理分布。

應(yīng)用方向
  • 分子育種：表型性狀定位、基因分型、分子標(biāo)記開發(fā)、優(yōu)質(zhì)基因資源篩選、功能基因挖掘、突變位點(diǎn)鑒定、基因資源及遺傳多樣性研究；
  • 進(jìn)化研究：物種進(jìn)化、馴化及改良研究、種群歷史研究、作物的起源研究、動(dòng)物的遷徙研究；
  • 生理機(jī)制研究：抗逆與抗病研究、動(dòng)植物生殖發(fā)育研究、致病機(jī)理研究；
產(chǎn)品優(yōu)勢
超大規(guī)模的測序平臺(tái)

擁有2臺(tái)Illumina NovaSeq X Plus和16臺(tái) Illumina NovaSeq 6000、5臺(tái)PacBio Revio 和21臺(tái) PacBio Sequel II/IIe等國際主流的二三代高通量測序平臺(tái)，通量高、周期快、產(chǎn)出穩(wěn)定

專業(yè)的方案設(shè)計(jì)

從材料選取、建庫、測序再到數(shù)據(jù)分析，每一步都有專業(yè)的人員輔助科學(xué)、縝密的方案設(shè)計(jì)，以保障高質(zhì)量研究成果

豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

貝瑞基因擁有數(shù)萬例的動(dòng)植物基因組重測序樣本分析經(jīng)驗(yàn)，參與棉鈴蟲進(jìn)化研究（The Innovation）、菜豆遺傳位點(diǎn)鑒定（Nature Genetics）等多篇頂級(jí)期刊文章發(fā)表

完善的分析內(nèi)容

貝瑞基因不僅可以提供動(dòng)植物基因組重測序標(biāo)準(zhǔn)分析服務(wù)，還可以根據(jù)項(xiàng)目需求選擇最適宜的分析軟件，提供個(gè)性化分析服務(wù)

一站式科研服務(wù)流程

經(jīng)驗(yàn)豐富的碩博團(tuán)隊(duì)為您提供動(dòng)植物基因組重測序項(xiàng)目方案設(shè)計(jì)、生物信息學(xué)分析、項(xiàng)目進(jìn)展定時(shí)匯報(bào)及售后問題解答等一站式科研服務(wù)，保證高質(zhì)量的結(jié)果交付

案例解析

結(jié)構(gòu)變異在基因組上的分布特征及其與相鄰基因表達(dá)的關(guān)系

結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的大規(guī)?；虮磉_(dá)改變驅(qū)動(dòng)甘藍(lán)形態(tài)多樣化

SVs在調(diào)控基因表達(dá)過程中發(fā)揮著重要的作用。2024年發(fā)表在Nature Genetics 的甘藍(lán)泛基因組研究通過PacBio HiFi等測序技術(shù)比較了27個(gè)甘藍(lán)基因組的序列差異，發(fā)現(xiàn)不同甘藍(lán)變種基因組之間存在大量的結(jié)構(gòu)變異（SVs），且大多數(shù)（73%）SVs位于基因上下游區(qū)域。研究發(fā)現(xiàn)約70%的基因表達(dá)變化與SVs的狀態(tài)相關(guān)，SVs既可以促進(jìn)基因的表達(dá)，也可以抑制基因的表達(dá)，促進(jìn)基因表達(dá)的SVs中含有顯著多的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，而抑制基因表達(dá)的SVs具有顯著高的DNA甲基化修飾水平。這些結(jié)果說明甘藍(lán)變種間大量存在的SVs通過調(diào)控相鄰基因的表達(dá)推進(jìn)甘藍(lán)變種多樣性的形成。