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轉錄組測序

通過對某一物種特定組織器官在某一狀態(tài)下產(chǎn)生的RNA進行高通量測序，來分析特定生物學狀態(tài)下的基因表達調(diào)控機制。廣泛應用于疾病機理研究、藥物開發(fā)、環(huán)境響應等領域，幫助解決基因表達差異、功能基因鑒定等問題。

真核轉錄組（有參/無參）

真核有參轉錄組測序（RNA-seq）指采用二代測序平臺，對某一物種特定組織器官在某一狀態(tài)下轉錄的所有mRNA進行測序，既可以提供定量分析，檢測基因表達水平差異，又可以提供結構分析，發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本，識別可變剪切位點、融合基因、SNP以及Indel位點等。

表達譜測序（有參）

表達譜測序指采用二代測序平臺，對某一物種特定組織器官在某一狀態(tài)下轉錄的所有mRNA進行測序，研究基因的表達差異并鑒定差異基因功能。

LncRNA測序

長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類長度超過200 nt、不編碼蛋白質的RNA分子，在生物體內(nèi)廣泛存在。lncRNA測序指采用去rRNA鏈特異性方法進行建庫并進行二代測序，從而快速全面地識別并分析具有關鍵調(diào)控作用的lncRNA，探究它們在各種生物學過程中的潛在角色。

small RNA測序

small RNA（sRNA）是一類長度通常在18～30 nt的小型非編碼RNA分子，在生物體內(nèi)起著至關重要的調(diào)控作用。small RNA測序是指通過小片段富集篩選建庫和二代測序平臺對small RNA進行的高通量測序，高效識別和定量樣本中的small RNA種類和表達水平，進而分析它們在細胞生理和病理過程中的功能和調(diào)控機制。

全轉錄組測序

全轉錄組測序指對特定組織器官在某一狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA進行高通量測序，包括mRNA、lncRNA、small RNA和circRNA。通過構建lncRNA文庫和small RNA文庫測序，實現(xiàn)4種RNA的單獨分析和ceRNA聯(lián)合分析，通過各類RNA的深層次剖析，挖掘各種RNA在基因表達中的復雜調(diào)控網(wǎng)絡，有助于全面解讀生物學調(diào)控現(xiàn)象。

全長轉錄組（有參/無參）

全長轉錄組測序（Iso-seq）指利用三代長讀長測序平臺，無需打斷和拼接，直接獲取包含5’UTR，3’UTR及Poly A尾的完整轉錄本，克服無參考基因組物種轉錄本拼接較短、信息不完整的難題，實現(xiàn)有參考基因組物種可變剪切及融合基因等結構變異研究。

應用方向

【醫(yī)學領域】

  • 胚胎發(fā)育調(diào)控：通過分析不同發(fā)育階段的胚胎樣本，揭示基因表達模式的時空變化，了解胚胎發(fā)育過程中的關鍵調(diào)控事件；
  • 疾病生物標志物發(fā)現(xiàn)：通過比較健康人群與患者之間的轉錄組差異，識別潛在的疾病相關基因和非編碼RNA，為疾病的早期診斷和預后評估提供分子標志物；
  • 疾病發(fā)生機制：分析疾病過程中基因表達的動態(tài)變化，揭示疾病發(fā)生的分子途徑和調(diào)控網(wǎng)絡，深入理解疾病的發(fā)生發(fā)展機制；
  • 免疫應答機制：研究機體在感染、疫苗接種等情況下的免疫應答過程，揭示免疫細胞的激活、分化和效應機制，為疫苗設計和免疫治療提供理論基礎；

 

【農(nóng)學領域】

  • 生長發(fā)育調(diào)控：探究不同生長階段的基因表達模式，識別調(diào)控生長發(fā)育的關鍵基因和信號通路；
  • 環(huán)境適應性：探究在不同環(huán)境脅迫（如干旱、鹽堿、低溫等）下的基因表達變化，闡明環(huán)境適應性和抗逆性的分子機理；
  • 病蟲害抗性機制：分析植物在遭受病原菌侵染或害蟲攻擊時的轉錄組動態(tài)，鑒定抗病蟲害的關鍵基因及其調(diào)控網(wǎng)絡，為培育抗病蟲害新品種提供理論依據(jù)；
  • 品質性狀形成和改良：研究影響作物產(chǎn)量、品質等重要性狀的基因表達調(diào)控網(wǎng)絡，為作物遺傳改良提供分子依據(jù)；
產(chǎn)品優(yōu)勢
大規(guī)模的測序平臺

18臺Illumina測序平臺+26臺PacBio測序平臺，通量高、周期快、產(chǎn)出穩(wěn)定

穩(wěn)定的生產(chǎn)流程

二代自動化提取和建庫，樣品提取合格率高，自動化建庫穩(wěn)定性強

多樣化的分析內(nèi)容

標準分析、多組學聯(lián)合分析、定制化分析等

免費的云分析平臺

云分析平臺免費使用，滿足多樣化分析需求

豐富的項目經(jīng)驗

累計完成100+ 物種的轉錄組測序分析，為項目執(zhí)行提供保障

貼心的服務流程

從實驗設計、生信分析到售后問題的全面解答，保證高質量的結果交付

案例解析

標準品（上）和九種腫瘤樣本（下）的融合轉錄組檢出情況

Iso-Seq揭示長讀長測序在癌癥融合基因檢測中的優(yōu)勢

 

基因融合是多種成人和兒科癌癥的癌癥驅動因素。全長轉錄組測序在檢測融合基因方面具有獨特的優(yōu)勢，這對于癌癥研究尤為重要。研究選取含16種融合轉錄本的標準品和9種癌細胞系（三種乳腺癌、前列腺癌、慢性骨髓性白血病、兩種細胞淋巴瘤、小細胞肺癌、和尿路上皮膀胱癌）樣本，分別進行PacBio 串聯(lián)全長轉錄組和Illumina二代轉錄組。在標準品的檢測中，16個融合轉錄本在PacBio串聯(lián)Iso-Seq 的三個重復中均被檢測到，但在基于 Illumina 測序的三次重復中，并非所有融合轉錄本都被檢測到。在九種真實腫瘤樣本的檢測中，使用PacBio 串聯(lián)Iso-Seq技術對每個細胞系進行檢測，通過至少兩種長讀長融合轉錄本檢測工具，共鑒定出133個融合轉錄本。相比之下，使用Illumina 技術只能識別到這些133個融合轉錄本中的79個。該研究凸顯了長讀長測序技術在捕捉復雜融合事件方面的顯著優(yōu)勢。

參考文獻：Qin Q, Popic V, Yu H, et al. CTAT-LR-fusion: accurate fusion transcript identification from long and short read isoform sequencing at bulk or single cell resolution. bioRxiv, 2024.